Elkan Baggot kembali masuk radar tim nasional Indonesia dalam menghadapi playoff Piala Asia 2023 menghadapi Taiwan. Nama Elkan Baggot kembali mencuat ketika timnas Indonesia U-19 menjalani pemusatan latihan di Jakarta pada Juli hingga Agustus 2020.
Saat itu bek keturunan Indonesia-Inggris itu hampir satu bulan lamanya berada di Jakarta untuk mengikuti latihan di bawah arahan pelatih timnas Indonesia Shin Tae-yong. Sempat pulang ke Inggris bek 196 cm kemudian mengikuti pemusatan latihan timnas Indonesia U-19 di Kroasia.
Bek yang sudah menjalani debut bersama tim senior Ipswich Town ini pun turun dalam 3 laga terakhir yang dijalani timnas Indonesia U-19 di Kroasia. Hasilnya Elkan Baggot membantu timnas Indonesia menang 4-1 dan imbang 0-0 atas Macedonia Utara U-19. Serta melibas Hadjuk Split U-19 dengan skor 4-0.
Sayangnya Elkan Baggot tak bisa membela timnas Indonesia U-20 di Piala Dunia U-20 pada 2021 karena turnamen dibatalkan efek pandemi Covid-19.
